O FileDirector trabalha integrado ao Active Directory da Microsoft, possibilitando que o gerenciamento de usuários continue sendo feito da mesma maneira, sem a criação de novos logins.
Se essa integração não for desejada ou possível, o FileDirector oferece o seu próprio sistema de gerenciamento de usuários. O formato das senhas pode ser configurado através do uso de expressões regulares para validação.
Como o servidor FileDirector utiliza o IIS, é possível criptografar os dados enviados e recebidos com uma chave de 128 bits e com certificados de segurança.
Todas as atividades executadas no sistema são registradas na trilha de auditoria. E para cada documento é armazenado um histórico individual de todas as ações de usuários.